Здравствуйте.
Ст. 190 ГК РФ: Установленный законом, иными правовыми актами, сделкой или назначаемый судом срок определяется календарной датой или истечением периода времени, который исчисляется годами, месяцами, неделями, днями или часами. Срок может определяться также указанием на событие, которое должно неизбежно наступить. Два разных договора - это все-таки две разные сделки, к тому же, наверняка условия и сроки выполнения обязательств по ним разные.
В ст. 203 ГК РФ о прерывании срока исковой давности говорится: «течение срока исковой давности прерывается предъявлением иска в установленном порядке, а также совершением обязанным лицом действий, свидетельствующих о признании долга». Если были, допустим подписаны акты сверок, подтверждающие долг, доп. соглашения к договору, подтверждения получения претензии со стороны должника и т.п., то срок давности будет исчисляться от даты вышеописанных событий.
Наличие двух договоров в этой ситуации для Вас, на мой взгляд, является лишь условием, при наличии которого долг покупателя Вы не можете в мае 2015г. списать на расходы, как долг с истекшим сроком давности, так как до июня 2013г. была возможность его истребовать непосредственно или путем, например, взаимозачета между договорами.
Пункт 1 статьи 199 ГК РФ гласит о том, что требование о защите нарушенного права принимается к рассмотрению судом независимо от истечения срока исковой давности.